魔法。
那並非是神話，或是傳說，而是現代科學的一項技術。它被應用至今已經過了一個世紀。
到了春天，新生入學的季節。
國立魔法大學附屬第一高校——通稱[魔法科高校]，是由成績優秀的[一科生]，和作為一科生替補的[二科生]所構成，他們也各自被冠上了[花冠（bloom）]，以及[雜草（weed）]之名。就在這樣的魔法科高校里，一對兄妹入學了。
兄長是，擁有著缺陷的劣等生。
妹妹是，完美無缺的的優等生。
無論什麼事都抱著達觀態度的劣等生兄長，和對他抱著作為血親以上感情的優等生妹妹。隨著這兩人進入這間精英學校的大門，這平穩的學院，也開始了騷亂的日常。
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